学费收取以发改委下发的文件为准，如政策变动按政策执行。五年制高职专科学生，前三年按中专标准执行，后两年按联办高校标准收费
学校师资力量雄厚，副高级专业技术职称以上教师占专任教师的 50％，专任教师中研究生以上学历占 48％，双师型教师占专任教师的 58％。学校积极引进各大高校、医院知名专家教授、主任医师、博士、到校开展教学科研工作。学校以科研促进教学水平不断提升，截至目前，获国家级奖励 8项、省厅级奖励 14 项、云南省教育厅科学研究基金项目立项17项、院级科学研究基金项目立项7项、授权专利 6 项、产学研项目 12 项等科研成果。学校教师和学生在国家级、省级各类比赛中获得了一系列奖励及荣誉。
云南医药健康职业学院下设 5 个系部，目前学校设有口腔医学（临床医学类）、临床医学（临床医学类）、针灸推拿（临床医学类）、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、医学美容技术、护理、中药学和康复治疗技术等 17 个专科专业。云南经济管理学院医学院下设护理学、中药学、口腔医学技术、医学检验技术等 8 个本科专业和护理、药学等 9 个专科专业。云南经济管理学院为云南医药健康职业学院的学生搭建升学平台，云南医药健康职业学院毕业生可通过“3+2 专本连读”和“专升本” 的方式通过考试升入云南经济管理学院本科专业就读。
2018年5月，教育部同意云南省设置云南医药健康职业学院。
2018年6月20日，云南医药健康职业学院举行挂牌成立仪式。
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